Tout ce que BioQ peut interroger

Récupérer n'importe quelle entrée UniProt non révisée par numéro d'accession (une première consultation peut prendre environ une minute), ou compter les protéines d'un organisme.

Coller une séquence protéique et trouver des protéines révisées similaires, avec E-values et pourcentage d'identité.

Récupérer n'importe quelle protéine MGnify (identifiant MGYP) et sa séquence, y compris celles qui ne sont pas des représentants de clusters.

Rechercher des protéines métagénomiques représentatives par identifiant ; en cas d'échec, la recherche se poursuit dans l'ensemble MGnify complet au lieu de conclure à l'absence.

Savoir combien de clusters protéiques ont été trouvés dans le sol, l'intestin humain ou tout autre biome, sous-biomes compris.

Trouver les clusters protéiques présents dans les mêmes assemblages métagénomiques qu'un cluster d'intérêt, avec leurs habitats.

Voir quels gènes entourent une protéine métagénomique sur son contig, avec coordonnées, brin et taille des intervalles.

Lister les domaines Pfam d'une protéine métagénomique, ou toutes les protéines portant un domaine donné, comme PF00078.

Trouver de grandes familles protéiques sans domaine connu, filtrer par biome et par taille, et voir les familles annotées qui apparaissent avec elles.

Obtenir la méthode, la résolution, le titre et la séquence de toute entrée PDB à partir de son code à quatre caractères.

Vérifier si une protéine Swiss-Prot dispose d'un modèle AlphaFold et quel est le niveau de confiance de la prédiction.

Lister les valeurs mesurées d'IC50, Ki, Kd ou EC50 pour un gène cible ou un médicament, avec les classes d'unités séparées et le type d'essai sur chaque ligne.

Trouver les valeurs d'activité de médicaments approuvés sur une cible, en regard de ChEMBL et GtoPdb.

Consulter les affinités curées par des experts pour les récepteurs, canaux ioniques et enzymes, par gène ou par ligand.

Lister les variants d'un gène ou d'une fenêtre génomique, ne garder que les pathogènes et voir le statut de revue ; les variants incertains ne sont jamais requalifiés.

Lister les partenaires d'interaction connus et prédits d'une protéine avec le score combiné STRING, par nom de protéine ou, chez l'humain, par numéro d'accession UniProt.

Trouver les interactions physiques et génétiques rapportées expérimentalement pour un gène, avec le système expérimental et le PubMed ID.

Savoir quels lignages cancéreux dépendent d'un gène, ou de quels gènes dépend un lignage, avec le contexte mutationnel.

Comparer l'expression ou le nombre de copies d'un gène entre lignées cellulaires cancéreuses et lignages.

Lire la séquence d'ADN exacte de n'importe quelle région humaine, par exemple chr11:1000000-1000100.

Lire n'importe quelle région d'une séquence RefSeq d'archée, de champignon, de protiste, mitochondriale ou virale, par numéro d'accession et coordonnées.

Lire la séquence d'ADN de n'importe quelle région du génome de souris.

Connaître la sensibilité des lignées cellulaires cancéreuses à un médicament (ln IC50 en uM, AUC), par jeu de données GDSC.

Vérifier si une séquence protéique exacte figure déjà parmi les représentants MGnify.

Trouver les homologues d'une protéine chez les bactéries, archées, plantes, champignons et animaux, au-delà de Swiss-Prot.

Rechercher une séquence protéique dans l'ensemble d'UniProt à 90% de redondance.

Ajoute les valeurs de liaison ChEMBL exprimées en ug/mL (converties avec la masse moléculaire de chaque composé) et les lignes que ChEMBL signale comme non standard.

Lister toutes les cibles sur lesquelles une molécule ChEMBL est active, ou toutes les molécules testées sur une cible.

Convertir les correspondances de domaines Pfam en entrées InterPro, avec leurs descriptions.

Renvoyer la liste complète des identifiants de clusters trouvés dans un biome, et pas seulement un échantillon.

Trouver, par similarité d'embeddings, des homologues distants que la recherche par alignement ne détecte pas.

Trouver les lignées cellulaires cancéreuses dont le profil d'expression est le plus proche d'une lignée donnée.