Todo lo que BioQ puede buscar

Obtén cualquier entrada no revisada de UniProt por su número de acceso (la primera consulta puede tardar cerca de un minuto) o cuenta cuántas proteínas tiene un organismo.

Pega una secuencia de proteína y encuentra proteínas revisadas similares, con E-values y porcentaje de identidad.

Recupera cualquier proteína de MGnify (ID MGYP) y su secuencia, incluidas las que no están entre los representantes de clúster.

Busca proteínas metagenómicas representativas por ID; si no aparece, la consulta pasa al conjunto completo de MGnify en lugar de informar ausencia.

Pregunta cuántos clústeres de proteínas se encontraron en el suelo, el intestino humano o cualquier otro bioma, incluidos sus subbiomas.

Encuentra clústeres de proteínas presentes en los mismos ensamblajes metagenómicos que un clúster de interés, con sus hábitats.

Descubre qué genes flanquean una proteína metagenómica en su cóntigo, con coordenadas, hebra y distancias entre genes.

Lista los dominios Pfam de una proteína metagenómica o todas las proteínas que contienen un dominio concreto, como PF00078.

Encuentra familias de proteínas grandes sin dominio conocido, filtra por bioma y tamaño, y consulta las familias anotadas con las que coaparecen.

Obtén el método, la resolución, el título y la secuencia de cualquier entrada del PDB por su código de cuatro caracteres.

Comprueba si una proteína de Swiss-Prot tiene un modelo de AlphaFold y qué confianza tiene la predicción.

Lista los valores medidos de IC50, Ki, Kd o EC50 de un gen diana o un fármaco, sin mezclar clases de unidades y con el tipo de ensayo en cada fila.

Encuentra valores de actividad de fármacos aprobados frente a una diana, junto a los de ChEMBL y GtoPdb.

Consulta afinidades curadas por expertos de receptores, canales iónicos y enzimas por gen o ligando.

Lista las variantes de un gen o una ventana genómica, filtra las patogénicas y consulta el estado de revisión; las variantes inciertas nunca suben de categoría.

Lista los interactores conocidos y predichos de una proteína con la puntuación combinada de STRING, por nombre de proteína o, en humanos, por número de acceso de UniProt.

Encuentra interacciones físicas y genéticas descritas experimentalmente para un gen, con el sistema experimental y el PubMed ID.

Pregunta qué linajes tumorales dependen de un gen, o de qué genes depende un linaje, con el contexto mutacional.

Compara la expresión o el número de copias de un gen entre líneas celulares tumorales y linajes.

Lee la secuencia exacta de ADN de cualquier región del genoma humano, por ejemplo chr11:1000000-1000100.

Lee cualquier región de una secuencia RefSeq de arqueas, hongos, protistas, mitocondrias o virus por número de acceso y coordenadas.

Lee la secuencia de ADN de cualquier región del genoma de ratón.

Pregunta cuán sensibles son las líneas celulares tumorales a un fármaco (ln IC50 en uM, AUC), por conjunto de datos de GDSC.

Comprueba si una secuencia de proteína exacta ya está entre los representantes de MGnify.

Encuentra homólogos de una proteína en bacterias, arqueas, plantas, hongos y animales, más allá de Swiss-Prot.

Busca una secuencia de proteína en todo UniProt con una redundancia del 90%.

Añade valores de unión de ChEMBL expresados en ug/mL (convertidos con el peso molecular de cada compuesto) y filas que ChEMBL marca como no estándar.

Lista todas las dianas contra las que una molécula de ChEMBL tiene actividad, o todas las moléculas ensayadas en una diana.

Convierte las coincidencias de dominios Pfam en entradas de InterPro con sus descripciones.

Devuelve la lista completa de IDs de clúster encontrados en un bioma, no solo una muestra.

Encuentra homólogos remotos que la búsqueda por alineamiento no detecta, por similitud de embeddings.

Encuentra las líneas celulares tumorales cuyo perfil de expresión más se parece al de una línea dada.