Alles, was BioQ durchsuchen kann

Rufen Sie jeden nicht geprüften UniProt-Eintrag per Accession ab (die erste Abfrage kann etwa eine Minute dauern) oder ermitteln Sie, wie viele Proteine ein Organismus hat.

Fügen Sie eine Proteinsequenz ein und finden Sie ähnliche geprüfte Proteine, mit E-Werten und prozentualer Identität.

Rufen Sie jedes MGnify-Protein (MGYP-ID) samt Sequenz ab, auch solche außerhalb der Cluster-Repräsentanten.

Schlagen Sie repräsentative metagenomische Proteine per ID nach; ohne Treffer wird im vollständigen MGnify-Bestand weitergesucht, statt ein Fehlen zu melden.

Fragen Sie, wie viele Proteincluster im Boden, im menschlichen Darm oder in einem anderen Biom gefunden wurden, einschließlich seiner Unterbiome.

Finden Sie Proteincluster, die in denselben Metagenom-Assemblierungen vorkommen wie ein ausgewählter Cluster, samt deren Habitaten.

Sehen Sie, welche Gene auf dem Contig neben einem metagenomischen Protein liegen, mit Koordinaten, Strang und Abständen.

Listen Sie die Pfam-Domänen eines metagenomischen Proteins auf oder alle Proteine, die eine bestimmte Domäne wie PF00078 tragen.

Finden Sie große Proteinfamilien ohne bekannte Domäne, filtern Sie nach Biom und Größe und sehen Sie, mit welchen annotierten Familien sie gemeinsam vorkommen.

Rufen Sie Methode, Auflösung, Titel und Sequenz jedes PDB-Eintrags über seinen vierstelligen Code ab.

Prüfen Sie, ob es für ein Swiss-Prot-Protein ein AlphaFold-Modell gibt und wie zuverlässig die Vorhersage ist.

Listen Sie gemessene IC50-, Ki-, Kd- oder EC50-Werte für ein Target-Gen oder einen Wirkstoff auf, mit getrennten Einheitenklassen und dem Assay-Typ in jeder Zeile.

Finden Sie Aktivitätswerte zugelassener Arzneimittel gegen ein Target, im direkten Vergleich mit ChEMBL und GtoPdb.

Rufen Sie expertenkuratierte Affinitäten für Rezeptoren, Ionenkanäle und Enzyme nach Gen oder Ligand ab.

Listen Sie die Varianten in einem Gen oder genomischen Fenster auf, filtern Sie auf pathogene und sehen Sie den Review-Status; Varianten unklarer Signifikanz werden nie hochgestuft.

Listen Sie bekannte und vorhergesagte Interaktionspartner eines Proteins mit dem kombinierten STRING-Score auf, per Proteinname oder, beim Menschen, per UniProt-Accession.

Finden Sie experimentell beschriebene physikalische und genetische Interaktionen eines Gens, mit Versuchssystem und PubMed-ID.

Fragen Sie, welche Krebs-Lineages von einem Gen abhängen oder von welchen Genen eine Lineage abhängt, mit Mutationskontext.

Vergleichen Sie die Expression oder Kopienzahl eines Gens über Krebszelllinien und Lineages hinweg.

Lesen Sie die exakte DNA-Sequenz einer beliebigen Region des menschlichen Genoms, zum Beispiel chr11:1000000-1000100.

Lesen Sie eine beliebige Region einer RefSeq-Sequenz von Archaeen, Pilzen, Protisten, Mitochondrien oder Viren über Accession und Koordinaten.

Lesen Sie die DNA-Sequenz einer beliebigen Region des Mausgenoms.

Fragen Sie, wie empfindlich Krebszelllinien auf einen Wirkstoff reagieren (ln IC50 in uM, AUC), je GDSC-Datensatz.

Prüfen Sie, ob eine exakte Proteinsequenz bereits unter den MGnify-Repräsentanten vorkommt.

Finden Sie Homologe eines Proteins in Bakterien, Archaeen, Pflanzen, Pilzen und Tieren, über Swiss-Prot hinaus.

Durchsuchen Sie das gesamte UniProt bei 90 % Redundanz mit einer Proteinsequenz.

Ergänzt in ug/mL angegebene ChEMBL-Bindungswerte (mit dem Molekulargewicht der jeweiligen Verbindung umgerechnet) sowie Zeilen, die ChEMBL als nicht standardisiert markiert.

Listen Sie alle Targets auf, gegen die ein ChEMBL-Molekül aktiv ist, oder alle an einem Target getesteten Moleküle.

Übersetzen Sie Pfam-Domänentreffer in InterPro-Einträge und deren Beschreibungen.

Rufen Sie die vollständige Liste der in einem Biom gefundenen Cluster-IDs ab, nicht nur eine Stichprobe.

Finden Sie per Embedding-Ähnlichkeit entfernte Homologe, die eine Alignment-Suche übersieht.

Finden Sie die Krebszelllinien, deren Expressionsprofil einer gegebenen Zelllinie am nächsten kommt.