UniProt TrEMBL
UniProt Consortium (EMBL-EBI / SIB / PIR)
依登錄號取得任一未經審閱的 UniProt 條目(首次查詢可能需要約一分鐘),或統計某種生物的蛋白質數量。
/lookup/organism/whereis資料目錄
目前已有 22 個資料集上線,10 個正在建立索引,另有 25 個在我們的存檔中排隊等候。新的資料層一通過與原始資料的比對驗證,就立即上線。
UniProt Consortium (EMBL-EBI / SIB / PIR)
依登錄號取得任一未經審閱的 UniProt 條目(首次查詢可能需要約一分鐘),或統計某種生物的蛋白質數量。
/lookup/organism/whereisUniProt Consortium (EMBL-EBI / SIB / PIR)
貼上蛋白質序列,找出相似的已審閱蛋白質,並附 E-value 與序列相同度百分比。
/search/search/result/whereisEMBL-EBI (MGnify) · 2026_07
取得任一 MGnify 蛋白質(MGYP ID)及其序列,包括叢集代表序列以外的蛋白質。
/lookup/whereisEMBL-EBI (MGnify) · 2026_07
依 ID 查詢總體基因體代表蛋白質;查無結果時會改查完整 MGnify 資料集,而不會直接回報不存在。
/lookup/whereisEMBL-EBI (MGnify); counts indexed by BioQ · 2026_07
查詢土壤、人體腸道或其他任一生物群系(含其子群系)中找到多少蛋白質叢集。
/biomeBioQ, built from EMBL-EBI MGnify · 2026_07
找出與目標叢集出現在相同總體基因體組裝中的蛋白質叢集,並列出其棲地。
/cooccur/neighbourhoodBioQ, built from EMBL-EBI MGnify sequence metadata · 2026_07
查看總體基因體蛋白質所在重疊群(contig)上的相鄰基因,包括座標、股別與間隔長度。
/syntenyEMBL-EBI (MGnify, Pfam) · 2026_07
列出總體基因體蛋白質的 Pfam 結構域,或帶有指定結構域(如 PF00078)的所有蛋白質。
/domains/domainBioQ, built from EMBL-EBI MGnify · 2026_07
找出沒有已知結構域的大型蛋白質家族,依生物群系與規模篩選,並查看與其共現的已註解家族。
/unexplored/unexplored_with_knownwwPDB / RCSB PDB
以四字元代碼取得任一 PDB 條目的解析方法、解析度、標題與序列。
/structure/whereisGoogle DeepMind / EMBL-EBI · v4
查看某個 Swiss-Prot 蛋白質是否有 AlphaFold 模型,以及預測的可信度。
/structureEMBL-EBI · 37
列出標靶基因或藥物的 IC50、Ki、Kd 或 EC50 實測值,不同單位類別分開呈現,每列標示檢測類型。
/affinityDrugCentral (University of New Mexico)
查詢已核准藥物對某一標靶的活性值,並與 ChEMBL 及 GtoPdb 並列對照。
/affinityIUPHAR / BPS
依基因或配體查看受體、離子通道與酵素的專家審訂親和力資料。
/affinityNCBI
列出某基因或基因體區間內的變異,篩選出致病性變異並查看審查狀態;意義不明的變異絕不會被升級歸類。
/variant/geneSTRING consortium · v12.0
依蛋白質名稱(人類蛋白質亦可用 UniProt 登錄號)列出已知與預測的交互作用夥伴及 STRING 綜合分數。
/interactionBioGRID · 4.4.248
查詢某基因經實驗報告的物理性與遺傳性交互作用,附實驗系統與 PubMed ID。
/interactionBroad Institute (DepMap) · 24Q4
查詢哪些癌症譜系依賴某個基因,或某個譜系依賴哪些基因,並結合突變背景。
/depmapBroad Institute (DepMap) · 24Q4
比較某基因在不同癌細胞株與譜系中的表現量或複本數。
/omicsGenome Reference Consortium (Ensembl primary assembly) · GRCh38
讀取人類任一區域的精確 DNA 序列,例如 chr11:1000000-1000100。
/dnaNCBI
依登錄號與座標讀取古菌、真菌、原生生物、粒線體或病毒 RefSeq 序列的任一區域。
/dnaGenome Reference Consortium (Ensembl) · GRCm39
讀取小鼠任一基因體區域的 DNA 序列。
/dna每個資料層都必須先答對一個答案已知的真實問題,並與原始資料一致,才會上線。
BioQ 於 bioq.bio 對外開放,22 個引擎層中已有 20 個可回應查詢。
UniProt TrEMBL 查詢達到完整涵蓋:全部 149,430,635 筆條目。
DNA 區域讀取擴及 NCBI RefSeq 基因體(古菌、真菌、粒線體、原生動物、病毒)與小鼠基因體 GRCm39。
MGnify 重疊群基因鄰域上線(1.78億 個基因定位)。
DepMap 24Q4 基因相依性、表現量與複本數查詢上線。
STRING v12.0 與 BioGRID 4.4.248 交互作用查詢上線。
29.9億 個 MGnify 蛋白質的蛋白質對結構域查詢上線。
UniProt TrEMBL 依物種計數與 MGnify 生物群系計數上線。
涵蓋 ChEMBL 37、DrugCentral 與 GtoPdb 的結合親和力檢索上線(515萬 筆量測值)。
UniProt Swiss-Prot 序列相似性檢索上線。
以 MGnify 蛋白質 Pfam 註解為基礎的結構域對蛋白質檢索上線。
MGnify 共現索引建置完成並開始提供服務:57.4億 筆記錄。
ClinVar 變異查詢與未註解蛋白質家族目錄上線。
人類基因體 GRCh38 區域讀取上線。
PDB 與 AlphaFold 結構查詢上線。
首個引擎:MGnify 蛋白質與代表序列查詢,以及 UniProt TrEMBL ID 查詢。
告訴我們您需要什麼。研究團隊的需求決定我們接下來為哪些資料建立索引。
謝謝。每一則需求我們都會閱讀。
無法送出申請。請檢查電子郵件地址後再試一次。
已建置或部分建置,尚未開放查詢。每一項都會在驗證後上線。
Wellcome Sanger Institute · 8.4 (fitted data dated 24 Jul 2022)
依 GDSC 資料集查詢癌細胞株對某藥物的敏感性(ln IC50,單位 uM;AUC)。
BioQ, built from EMBL-EBI MGnify · 2026_07
檢查某條蛋白質序列是否已以完全相同的形式存在於 MGnify 代表序列中。
BioQ, from UniProt Swiss-Prot, Ensembl / Ensembl Genomes proteomes and MGnify
在細菌、古菌、植物、真菌與動物中找出蛋白質的同源物,範圍超出 Swiss-Prot。
UniProt Consortium (EMBL-EBI / SIB / PIR)
在 90% 去冗餘的全部 UniProt 中檢索蛋白質序列。
EMBL-EBI · 37
新增以 ug/mL 回報的 ChEMBL 結合值(依各化合物分子量換算),以及被 ChEMBL 標記為非標準的資料列。
EMBL-EBI · 37
列出某個 ChEMBL 分子具活性的所有標靶,或在某標靶上測試過的所有分子。
EMBL-EBI (InterPro)
將 Pfam 結構域比對結果轉換為 InterPro 條目及其說明。
BioQ, built from EMBL-EBI MGnify · 2026_07
傳回某生物群系中找到的完整叢集 ID 清單,而不只是部分樣本。
BioQ, computed from UniProt Swiss-Prot with ESM-2 650M
以嵌入向量相似度找出比對檢索遺漏的遠緣同源物。
BioQ, computed from DepMap 24Q4 expression · 24Q4
找出表現譜與指定細胞株最接近的癌細胞株。
皆已下載並完成檢查碼核對。建立索引的順序依研究人員的需求而定。
BindingDB · 202610
將為親和力查詢新增約 159萬 筆 ChEMBL 以外的結合量測值。
LINCS / Broad Institute · GEO GSE92742 + GSE70138
尚無法檢索;未來可查詢哪些化合物能逆轉或模擬某一表現特徵。
GTEx Consortium · v10
尚無法檢索;未來可回答某基因在健康人體的哪些部位表現。
NCI TCGA via UCSC Xena
尚無法檢索;未來可比較某基因在不同腫瘤類型中的表現。
Broad Institute (DepMap) · 24Q4
尚無法完整檢索;未來可列出某細胞株或基因中的所有突變。
Broad Institute · 19Q4
尚無法檢索;未來可顯示某種非腫瘤用藥能殺死哪些癌細胞株。
Broad Institute · v1.0, v2.0, v2.1, v2.2
尚無法檢索;未來可與 GDSC 及 PRISM 比較藥物敏感性。
NCI Developmental Therapeutics Program
尚無法檢索;未來可顯示某化合物的 NCI-60 活性圖譜。
NCBI
尚無法檢索;未來可將化合物名稱與結構對應至 PubChem ID。
EMBL-EBI (MGnify) · 2026_07
尚無法依序列相似性檢索。
UniProt Consortium (EMBL-EBI / SIB / PIR)
尚無法檢索。
EMBL-EBI (Ensembl) · Ensembl 116; Ensembl Genomes 63
尚無法單獨檢索(部分資料已納入建置索引中的跨界檢索集)。
U.S. National Library of Medicine
尚無法檢索;未來可列出某藥物或標靶的臨床試驗。
Open Targets
尚無法檢索;未來可提供藥物的作用機制。
TPMC authors (Nature Communications, 2024)
尚無法檢索。
China National GeneBank (CNGB)
尚無法檢索。
cnGVC authors (Zenodo record 14671177) · Zenodo 14671177
尚無法檢索。
NCBI
尚無法檢索。
GENCODE consortium · v47
尚無法檢索。
EMBL-EBI (InterPro / Pfam)
尚無法檢索。
eggNOG
尚無法檢索。
Human Protein Atlas
尚無法檢索。
SIB Swiss Institute of Bioinformatics
尚無法檢索。
Gene Ontology Consortium
尚無法檢索。
Broad Institute · 2020-03-24
尚無法檢索。
免費帳戶可透過提問、識別碼、序列或 API 查詢所有已上線的資料集。