UniProt TrEMBL
UniProt Consortium (EMBL-EBI / SIB / PIR)
按登录号获取任意未经审阅的 UniProt 条目(首次查询可能需要约一分钟),或统计某种生物的蛋白质数量。
/lookup/organism/whereis数据目录
目前已有 22 个数据集上线,10 个正在建立索引,另有 25 个在我们的存档中排队等候。新的数据层一旦通过与源数据的比对验证,即刻上线。
UniProt Consortium (EMBL-EBI / SIB / PIR)
按登录号获取任意未经审阅的 UniProt 条目(首次查询可能需要约一分钟),或统计某种生物的蛋白质数量。
/lookup/organism/whereisUniProt Consortium (EMBL-EBI / SIB / PIR)
粘贴蛋白质序列,查找相似的已审阅蛋白质,并给出 E-value 和序列一致性百分比。
/search/search/result/whereisEMBL-EBI (MGnify) · 2026_07
获取任意 MGnify 蛋白质(MGYP ID)及其序列,包括聚类代表序列以外的蛋白质。
/lookup/whereisEMBL-EBI (MGnify) · 2026_07
按 ID 查询宏基因组代表蛋白质;未命中时转查完整 MGnify 数据集,而不是直接报告不存在。
/lookup/whereisEMBL-EBI (MGnify); counts indexed by BioQ · 2026_07
查询在土壤、人体肠道或其他任一生物群系(含其子群系)中发现了多少蛋白质聚类。
/biomeBioQ, built from EMBL-EBI MGnify · 2026_07
查找与目标聚类出现在相同宏基因组组装中的蛋白质聚类,并给出其生境。
/cooccur/neighbourhoodBioQ, built from EMBL-EBI MGnify sequence metadata · 2026_07
查看宏基因组蛋白质所在重叠群(contig)上的相邻基因,包括坐标、链方向和间隔长度。
/syntenyEMBL-EBI (MGnify, Pfam) · 2026_07
列出宏基因组蛋白质的 Pfam 结构域,或携带指定结构域(如 PF00078)的所有蛋白质。
/domains/domainBioQ, built from EMBL-EBI MGnify · 2026_07
查找无已知结构域的大型蛋白质家族,按生物群系和规模筛选,并查看与其共现的已注释家族。
/unexplored/unexplored_with_knownwwPDB / RCSB PDB
通过四字符代码获取任意 PDB 条目的实验方法、分辨率、标题和序列。
/structure/whereisGoogle DeepMind / EMBL-EBI · v4
查看某个 Swiss-Prot 蛋白质是否有 AlphaFold 模型及其预测置信度。
/structureEMBL-EBI · 37
列出靶标基因或药物的 IC50、Ki、Kd 或 EC50 实测值,不同单位类别分开呈现,每行标注测定类型。
/affinityDrugCentral (University of New Mexico)
查找已批准药物对某一靶标的活性值,并与 ChEMBL 和 GtoPdb 并列对照。
/affinityIUPHAR / BPS
按基因或配体查看受体、离子通道和酶的专家审编亲和力数据。
/affinityNCBI
列出某基因或基因组区间内的变异,筛选致病变异并查看审核状态;意义未明的变异绝不会被升级归类。
/variant/geneSTRING consortium · v12.0
按蛋白质名称(人类蛋白也可用 UniProt 登录号)列出已知和预测的相互作用伙伴及 STRING 综合评分。
/interactionBioGRID · 4.4.248
查找某基因经实验报道的物理和遗传相互作用,附实验系统和 PubMed ID。
/interactionBroad Institute (DepMap) · 24Q4
查询哪些癌症谱系依赖某个基因,或某个谱系依赖哪些基因,并结合突变背景。
/depmapBroad Institute (DepMap) · 24Q4
比较某基因在不同癌细胞系和谱系中的表达量或拷贝数。
/omicsGenome Reference Consortium (Ensembl primary assembly) · GRCh38
读取人类任意区域的精确 DNA 序列,例如 chr11:1000000-1000100。
/dnaNCBI
按登录号和坐标读取古菌、真菌、原生生物、线粒体或病毒 RefSeq 序列的任意区域。
/dnaGenome Reference Consortium (Ensembl) · GRCm39
读取小鼠任意基因组区域的 DNA 序列。
/dna每个数据层都必须先答对一个答案已知的真实问题,并与源数据一致,才会上线。
BioQ 在 bioq.bio 面向公众开放,22 个引擎层中已有 20 个可响应查询。
UniProt TrEMBL 查询实现全覆盖:全部 149,430,635 个条目。
DNA 区域读取扩展至 NCBI RefSeq 基因组(古菌、真菌、线粒体、原生动物、病毒)及小鼠基因组 GRCm39。
MGnify 重叠群基因邻域上线(1.78亿 个基因定位)。
DepMap 24Q4 基因依赖性、表达和拷贝数查询上线。
STRING v12.0 和 BioGRID 4.4.248 相互作用查询上线。
29.9亿 个 MGnify 蛋白质的蛋白质到结构域查询上线。
UniProt TrEMBL 按物种计数与 MGnify 生物群系计数上线。
覆盖 ChEMBL 37、DrugCentral 和 GtoPdb 的结合亲和力检索上线(515万 条测定值)。
UniProt Swiss-Prot 序列相似性检索上线。
基于 MGnify 蛋白质 Pfam 注释的结构域到蛋白质检索上线。
MGnify 共现索引构建完成并投入服务:57.4亿 条记录。
ClinVar 变异查询和未注释蛋白质家族目录上线。
人类基因组 GRCh38 区域读取上线。
PDB 和 AlphaFold 结构查询上线。
首个引擎:MGnify 蛋白质及代表序列查询,以及 UniProt TrEMBL ID 查询。
告诉我们您需要什么。研究团队的请求决定我们下一步为哪些数据建立索引。
谢谢。每一条请求我们都会阅读。
申请提交失败。请检查邮箱地址后重试。
已构建或部分构建,尚未开放查询。每一项都会在验证后上线。
Wellcome Sanger Institute · 8.4 (fitted data dated 24 Jul 2022)
按 GDSC 数据集查询癌细胞系对某药物的敏感性(ln IC50,单位 uM;AUC)。
BioQ, built from EMBL-EBI MGnify · 2026_07
检查某条蛋白质序列是否已以完全相同的形式存在于 MGnify 代表序列中。
BioQ, from UniProt Swiss-Prot, Ensembl / Ensembl Genomes proteomes and MGnify
在细菌、古菌、植物、真菌和动物中查找蛋白质的同源物,范围超出 Swiss-Prot。
UniProt Consortium (EMBL-EBI / SIB / PIR)
在 90% 去冗余的全部 UniProt 中检索蛋白质序列。
EMBL-EBI · 37
新增以 ug/mL 报告的 ChEMBL 结合值(按各化合物分子量换算),以及被 ChEMBL 标记为非标准的记录。
EMBL-EBI · 37
列出某个 ChEMBL 分子具有活性的所有靶标,或在某靶标上测试过的所有分子。
EMBL-EBI (InterPro)
将 Pfam 结构域命中结果转换为 InterPro 条目及其描述。
BioQ, built from EMBL-EBI MGnify · 2026_07
返回某生物群系中发现的全部聚类 ID 列表,而不只是部分样本。
BioQ, computed from UniProt Swiss-Prot with ESM-2 650M
通过嵌入相似度查找比对检索遗漏的远缘同源物。
BioQ, computed from DepMap 24Q4 expression · 24Q4
查找表达谱与指定细胞系最接近的癌细胞系。
均已下载并完成校验和核对。建立索引的顺序依研究人员的需求而定。
BindingDB · 202610
将为亲和力查询新增约 159万 条 ChEMBL 以外的结合测定值。
LINCS / Broad Institute · GEO GSE92742 + GSE70138
暂不可检索;未来可查询哪些化合物能逆转或模拟某一表达特征。
GTEx Consortium · v10
暂不可检索;未来可回答某基因在健康人体的哪些部位表达。
NCI TCGA via UCSC Xena
暂不可检索;未来可比较某基因在不同肿瘤类型中的表达。
Broad Institute (DepMap) · 24Q4
暂不可完整检索;未来可列出某细胞系或基因中的全部突变。
Broad Institute · 19Q4
暂不可检索;未来可显示某种非肿瘤药物能杀伤哪些癌细胞系。
Broad Institute · v1.0, v2.0, v2.1, v2.2
暂不可检索;未来可与 GDSC 和 PRISM 比较药物敏感性。
NCI Developmental Therapeutics Program
暂不可检索;未来可显示某化合物的 NCI-60 活性谱。
NCBI
暂不可检索;未来可把化合物名称和结构解析为 PubChem ID。
EMBL-EBI (MGnify) · 2026_07
暂不可按序列相似性检索。
UniProt Consortium (EMBL-EBI / SIB / PIR)
暂不可检索。
EMBL-EBI (Ensembl) · Ensembl 116; Ensembl Genomes 63
暂不可单独检索(部分数据已并入正在建索引的跨界检索集)。
U.S. National Library of Medicine
暂不可检索;未来可列出某药物或靶标的临床试验。
Open Targets
暂不可检索;未来可给出药物的作用机制。
TPMC authors (Nature Communications, 2024)
暂不可检索。
China National GeneBank (CNGB)
暂不可检索。
cnGVC authors (Zenodo record 14671177) · Zenodo 14671177
暂不可检索。
NCBI
暂不可检索。
GENCODE consortium · v47
暂不可检索。
EMBL-EBI (InterPro / Pfam)
暂不可检索。
eggNOG
暂不可检索。
Human Protein Atlas
暂不可检索。
SIB Swiss Institute of Bioinformatics
暂不可检索。
Gene Ontology Consortium
暂不可检索。
Broad Institute · 2020-03-24
暂不可检索。
免费账户可通过提问、标识符、序列或 API 查询所有已上线的数据集。