BioQ가 검색하는 모든 데이터

미검토 UniProt 항목을 액세션으로 가져오거나(첫 조회는 1분쯤 걸릴 수 있습니다) 한 생물종의 단백질 수를 셉니다.

단백질 서열을 붙여 넣어 비슷한 검토 단백질을 찾고, E-value와 서열 동일성(%)을 함께 봅니다.

클러스터 대표 서열에 들지 않은 것까지 포함해 모든 MGnify 단백질(MGYP ID)과 그 서열을 가져옵니다.

대표 메타게놈 단백질을 ID로 조회합니다. 여기서 찾지 못하면 '없음'으로 답하지 않고 전체 MGnify 세트에서 다시 찾습니다.

토양, 사람 장 등 어떤 바이옴이든 하위 바이옴까지 포함해 단백질 클러스터가 몇 개 발견됐는지 확인합니다.

관심 클러스터와 같은 메타게놈 어셈블리에 함께 나타나는 단백질 클러스터를 서식지 정보와 함께 찾습니다.

메타게놈 단백질이 놓인 콘티그에서 그 옆에 있는 유전자를 좌표, 가닥, 간격 크기와 함께 봅니다.

메타게놈 단백질의 Pfam 도메인을 나열하거나, PF00078 같은 특정 도메인을 가진 단백질을 모두 나열합니다.

알려진 도메인이 없는 대형 단백질 패밀리를 찾아 바이옴과 크기로 거르고, 함께 나타나는 주석 있는 패밀리를 봅니다.

네 글자 코드로 PDB 항목의 실험 방법, 해상도, 제목, 서열을 가져옵니다.

Swiss-Prot 단백질에 AlphaFold 모델이 있는지, 예측 신뢰도는 어느 정도인지 확인합니다.

표적 유전자나 약물의 IC50, Ki, Kd 또는 EC50 측정값을 나열합니다. 단위 계열은 섞지 않고 행마다 어세이 유형을 표시합니다.

표적에 대한 승인 약물의 활성값을 ChEMBL, GtoPdb 값과 나란히 봅니다.

수용체, 이온 채널, 효소에 대해 전문가가 큐레이션한 친화도를 유전자나 리간드로 찾아봅니다.

유전자나 유전체 구간의 변이를 나열하고 병원성 변이만 걸러 검토 상태를 봅니다. 불확실한 변이는 상향 분류하지 않습니다.

단백질 이름(사람은 UniProt 액세션도 가능)으로 알려진·예측된 상호작용 상대를 STRING 종합 점수와 함께 나열합니다.

유전자별로 실험에서 보고된 물리적·유전적 상호작용을 실험 시스템, PubMed ID와 함께 찾습니다.

어떤 암 계통이 특정 유전자에 의존하는지, 한 계통이 어떤 유전자에 의존하는지 돌연변이 정보와 함께 확인합니다.

유전자의 발현량이나 복제수를 암 세포주와 계통 간에 비교합니다.

사람 유전체에서 원하는 구간(예: chr11:1000000-1000100)의 정확한 DNA 서열을 읽습니다.

고균, 진균, 원생생물, 미토콘드리아, 바이러스 RefSeq 서열의 원하는 구간을 액세션과 좌표로 읽습니다.

생쥐 유전체에서 원하는 구간의 DNA 서열을 읽습니다.

암 세포주가 약물에 얼마나 민감한지(uM 단위 ln IC50, AUC) GDSC 데이터셋별로 확인합니다.

똑같은 단백질 서열이 MGnify 대표 서열에 이미 있는지 확인합니다.

Swiss-Prot을 넘어 세균, 고균, 식물, 진균, 동물 전반에서 단백질의 상동체를 찾습니다.

90% 수준으로 중복을 줄인 UniProt 전체에서 단백질 서열을 검색합니다.

ug/mL로 보고된 ChEMBL 결합값(화합물별 분자량으로 환산)과 ChEMBL이 비표준으로 표시한 행을 추가합니다.

ChEMBL 분자가 활성을 보이는 표적을 모두 나열하거나, 한 표적에서 시험된 분자를 모두 나열합니다.

Pfam 도메인 히트를 InterPro 항목과 그 설명으로 변환합니다.

바이옴에서 발견된 클러스터 ID를 일부 표본이 아니라 전체 목록으로 돌려줍니다.

정렬 검색이 놓치는 원거리 상동체를 임베딩 유사도로 찾습니다.

주어진 세포주와 발현 프로필이 가장 가까운 암 세포주를 찾습니다.