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生物學公開資料的 AI 研究代理

用日常語言提問，或貼上基因、登錄號、序列或基因體座標。BioQ 一次查詢 15 個公開資料庫，從 57.4億 個總體基因體蛋白質、1.5億 筆 UniProt 條目到 515.4萬 筆結合測量資料，並為每項結論列出其依據的紀錄。

研究人員免費使用。可用 Google 或機構電子郵件登入。

閱讀 API 文件
以即時資料產生的範例回答3 次查詢

KRAS 是胰臟癌的選擇性依賴基因嗎？已測得哪些分子與它結合？

  1. 1dependency(gene=KRAS)0.2 ms1,178 個癌症細胞株的 CRISPR 依賴性
  2. 2binding_measurements(gene=KRAS)0.4 s6,796 筆結合測量資料
  3. 3interactions(KRAS, min_score=900)0.2 ms98 個高信賴度交互作用夥伴

是的。47 個胰臟癌細胞株中有 43 個依賴 KRAS（平均基因效應 −1.79），是所有譜系中比例最高的 1。在全部譜系中，1,178 個細胞株裡有 399 個具依賴性 1。BioQ 收錄了 KRAS 的 6,796 筆結合測量資料；效力最強的是 MRTX-1133，IC50 為 0.2 pM 2。它的主要交互作用夥伴包括 RAF1、SOS1 與 BRAF，STRING 評分皆為 999（滿分 1,000）3。

限制：依賴性是在細胞株中測得，而非在患者身上。

BioQ 讀取的資料

來自引擎的即時紀錄筆數，每五分鐘更新一次。

MGnify proteinsMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSK57.4億
Pfam-annotated proteinsVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRMVLSPADKTNVKAAW29.9億
MGnify clustersFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALE16.6億
STRING interactionsGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDL1.6億
UniProt TrEMBLVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALT1.5億
Binding measurementsAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSD515.4萬
StructuresCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLL80.3萬
RefSeq sequencesATGTTTGTTTTTCTTGTTTTATTGCCACTAGTCTCTAGTCAGTGTGTTAATCTTACAACCAGAACTCAATTACCCCCTGCATACACTAATTCTTTCACACGTGGTGTTTATTACCCTGACAAAGTTTTCAGATCCTCAGT54.5萬
DepMap cell linesAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEF1178

生物資料是公開的，用起來卻不簡單。

您需要的資料大多早已測量並發表，卻分散在各自獨立的入口網站，各有各的識別碼、檔案格式與下載量。過去要回答一個問題，往往得花上好幾天下載、做 ID 對應、在試算表裡合併資料——前提是您的電腦打得開這些檔案。

任務過去使用 BioQ
從 UniProt TrEMBL 讀取一筆紀錄TrEMBL 以單一 40 GB 壓縮檔發布。要讀取第 1 億筆紀錄，得先解壓縮它之前的所有內容。依 ID 取得 1.49 億個登錄號中的任何一筆。回傳的紀錄會附上讀取位置的位元組範圍。
跨來源比較藥物效力ChEMBL、DrugCentral 與 Guide to Pharmacology 回報的 IC50、Ki 與 pIC50 數值單位不一。直接平均，會在不知不覺中把奈莫耳值和對數值混在一起。520 萬筆測量資料，莫耳單位與對數單位分開保存，每一列都連結到來源紀錄。
確認某個基因是否為選擇性依賴基因下載 DepMap 矩陣，將細胞株對應到譜系，再自己撰寫各譜系的統計分析。任何基因依譜系劃分的依賴性、表現量與複本數，一次請求即可取得。
信任「查無資料」從未載入的資料庫，和不存在的紀錄看起來一模一樣：都是空的結果。每個資料庫都會標明：已找到、已檢索但不存在，或未檢索。只有第二種才代表不存在。
以未發表的序列進行檢索公開的 BLAST 與結構伺服器會收到您的序列。許多實驗室和公司禁止在未發表的研究上這麼做。同源性檢索在我們自己的伺服器上執行。AI 代理只處理代號，永遠看不到殘基。
在特定環境中尋找尚未探索的蛋白質家族MGnify 的 17 億個蛋白質叢集是以 TB 計的檔案。依生物群系篩選需要運算叢集。瀏覽生物群系樹狀圖，列出沒有已知結構域的大型叢集，並查看它們與什麼共同出現。

一個問題，查遍所有資料庫，證據一併附上

  1. 照您的思路提問

    輸入問題、基因符號、UniProt 或 MGnify 登錄號、Pfam 結構域、藥物、序列或座標。BioQ 會辨識您輸入的內容，並顯示它如何判讀。

  2. AI 代理規劃並執行查詢

    如果輸入的是問題，AI 代理會決定要查詢哪些資料庫、平行執行查詢，並顯示每個步驟的參數與耗時。

  3. 每項結論都引用紀錄

    答案中的數字都連結到產生它們的查詢。展開任一步驟，即可查看原始資料、複製 API 呼叫或下載表格。

為研究人員實際會問的問題而設計

標靶探索

哪些癌症依賴這個基因？是否已測得有分子與它結合？

DepMap、ChEMBL、STRING、AlphaFold

KRAS

藥物-標靶證據

某個標靶與化合物之間所有已測得的 IC50、Ki 與 Kd，並附上試驗類型與來源。

ChEMBL、DrugCentral、Guide to Pharmacology

EGFR gefitinib

變異解讀

這個基因中哪些變異具致病性？其審查等級如何？

ClinVar、GRCh38

BRCA1

蛋白質鑑定

這條序列和什麼最接近？帶有哪些結構域？有沒有結構？

Swiss-Prot、TrEMBL、Pfam、PDB、AlphaFold

P04637

酵素與總體基因體探勘

土壤中哪些大型蛋白質家族沒有已知結構域？它們與什麼相鄰？

MGnify 蛋白質、叢集、生物群系、組裝

root:Environmental:Terrestrial:Soil

基因體座標

人類、小鼠或 544,891 條 RefSeq 序列中任一條在指定座標的確切鹼基。

GRCh38、GRCm39、RefSeq

NC_045512.2:21563-21600

經得起審查的答案

研究用的搜尋引擎是否有用，取決於您能否為它給出的結果辯護。BioQ 在四件事上非常嚴謹。

「不存在」與「未檢索」是不同的答案

如果某個資料庫沒有被檢索，BioQ 會直接說明，絕不會把缺少的索引當成陰性結果。

單位絕不混用

莫耳濃度與對數尺度的效力值，依測量類型與試驗類型分別彙整。

每個答案都說明能支持什麼結論

結果附有結論強度判定：獨立觀測是否足以支持統計結論，或只夠用來描述。

每一列都有位址

來源檔案、紀錄編號與檢查碼隨資料一起提供，審查者可以找到完全相同的位元組。

取自實際回應GET /api/v1/whereis?id=P04637
{
  "trembl": {
    "status": "miss",
    "means": "the TrEMBL index was searched and does
      not carry this accession"
  },
  "pfam_domains": {
    "status": "not_applicable",
    "means": "no lookup was possible, so this is
      neither a hit nor a miss"
  }
}

GET /api/v1/affinity?gene=EGFR&drug=gefitinib
{
  "measured_type": "IC50", "value": 0.1, "unit": "nM",
  "unit_class": "molar",
  "source_key": "chembl_37.db|activity_id=13297481",
  "sha256": "4be13df3b68e…c15142"
}

您的序列只屬於您

未發表的序列是實驗室最敏感的資產。BioQ 在自己的伺服器上執行同源性檢索，絕不會把您的序列轉送給第三方搜尋服務。當您向 AI 代理詢問某條序列時，語言模型看到的是 [SEQ1] 這類代號及其長度，而不是殘基。您的搜尋紀錄儲存在瀏覽器中，而不是您的帳戶裡。

  • 檢索在 BioQ 伺服器上執行
  • AI 代理看不到殘基
  • 搜尋紀錄只留在您的瀏覽器

能點選的一切都是 API 呼叫

在帳戶中建立金鑰，即可從 Python、R、Nextflow 或 notebook 呼叫相同的端點。每個回應都是 JSON，並附上資料來源資訊。

閱讀 API 參考文件

curl -H "Authorization: Bearer $BIOQ_KEY" \
  "https://bioq.bio/api/v1/depmap?gene=KRAS"

收錄內容

資料庫可查詢的內容紀錄筆數
MGnify總體基因體蛋白質與叢集、來源生物群系、在組裝中的共同出現57.4億 個蛋白質
UniProt依登錄號查詢蛋白質紀錄、物種計數、對 Swiss-Prot 進行同源性檢索1.5億 筆條目
Pfam總體基因體蛋白質上的蛋白質結構域，以及帶有特定結構域的蛋白質27,048 個結構域家族
PDB, AlphaFold DB實驗結構，以及附信賴度的 AlphaFold 模型80.3萬 筆條目
ChEMBL, DrugCentral, GtoPdb標靶與化合物之間的 IC50、Ki、Kd 及相關測量值515.4萬 筆測量值
ClinVar人類變異的臨床意義與審查狀態人類基因體
STRING, BioGRID蛋白質-蛋白質交互作用，附信賴度分數或人工彙整的證據1.6億 條邊
DepMap癌症細胞株的 CRISPR 依賴性、表現量與複本數1,178 個細胞株
GRCh38, GRCm39, RefSeq人類、小鼠與 RefSeq 任一座標的序列54.5萬 條序列

從一個問題開始

免費帳戶每天可進行 500 次查詢、25 次序列檢索，並向 AI 代理提問 20 次。

免費開始