생물학 공개 데이터를 위한 연구 에이전트

자연어로 질문하거나 유전자, 액세션, 서열, 유전체 좌표를 붙여 넣으세요. BioQ는 공개 데이터베이스 15개를 한 번에 조회합니다. 메타게놈 단백질 57.4억개와 UniProt 항목 1.5억개부터 결합 측정값 515.4만건까지 다루며, 모든 주장의 근거가 된 레코드를 보여 줍니다.

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실제 데이터로 만든 답변 예시조회 3회

췌장암에서 KRAS는 선택적 의존성 유전자인가요? KRAS와의 결합이 측정된 물질에는 무엇이 있나요?

  1. 1dependency(gene=KRAS)0.2 ms암 세포주 1,178개의 CRISPR 의존성
  2. 2binding_measurements(gene=KRAS)0.4 s결합 측정값 6,796건
  3. 3interactions(KRAS, min_score=900)0.2 ms고신뢰도 파트너 98개

네. 췌장암 세포주 47개 중 43개가 KRAS에 의존하며(평균 유전자 효과 −1.79), 이는 모든 계통 중 가장 높은 비율입니다1. 전체 계통으로 보면 세포주 1,178개 중 399개가 의존적입니다1. BioQ에는 KRAS 결합 측정값이 6,796건 있으며, 가장 강력한 것은 MRTX-1133(IC50 0.2 pM)입니다2. 주요 상호작용 파트너로는 RAF1, SOS1, BRAF가 있으며, 모두 STRING 점수 1,000점 중 999점입니다3.

한계: 의존성은 환자가 아니라 세포주에서 측정한 값입니다.

BioQ가 읽는 데이터

엔진에서 가져온 실시간 레코드 수이며, 5분마다 갱신됩니다.

MGnify proteinsMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSK57.4억
Pfam-annotated proteinsVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRMVLSPADKTNVKAAW29.9억
MGnify clustersFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALE16.6억
STRING interactionsGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDL1.6억
UniProt TrEMBLVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALT1.5억
Binding measurementsAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSD515.4만
StructuresCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLL80.3만
RefSeq sequencesATGTTTGTTTTTCTTGTTTTATTGCCACTAGTCTCTAGTCAGTGTGTTAATCTTACAACCAGAACTCAATTACCCCCTGCATACACTAATTCTTTCACACGTGGTGTTTATTACCCTGACAAAGTTTTCAGATCCTCAGT54.5만
DepMap cell linesAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEF1.2천

생물학 데이터는 공개되어 있지만, 쓰기는 쉽지 않습니다.

필요한 데이터는 대부분 이미 측정되어 공개되어 있습니다. 다만 식별자, 파일 형식, 다운로드 크기가 제각각인 포털에 흩어져 있습니다. 질문 하나에 답하려면 며칠씩 내려받고, ID를 매핑하고, 스프레드시트를 조인해야 했습니다. 그것도 컴퓨터가 파일을 열 수 있을 때 이야기입니다.

작업기존 방식BioQ 사용 시
UniProt TrEMBL에서 레코드 하나 읽기TrEMBL은 40 GB짜리 압축 파일 하나로 배포됩니다. 1억 번째 레코드를 읽으려면 그 앞을 전부 압축 해제해야 합니다.액세션 1억 4,900만 개 중 무엇이든 ID로 요청하세요. 레코드는 읽어 온 바이트 범위와 함께 반환됩니다.
출처 간 약물 효력 비교ChEMBL, DrugCentral, Guide to Pharmacology는 IC50, Ki, pIC50 값을 서로 다른 단위로 보고합니다. 그대로 평균을 내면 나노몰 값과 로그 값이 모르는 사이에 섞입니다.측정값 520만 건을 몰 단위와 로그 단위로 나눠 보관하고, 각 행을 원본 레코드에 연결했습니다.
유전자가 선택적 의존성인지 확인DepMap 행렬을 내려받고, 세포주를 계통에 매핑하고, 계통별 통계를 직접 계산합니다.어떤 유전자든 계통별 의존성, 발현, 복제수를 요청 한 번으로 받습니다.
‘결과 없음’ 믿기아예 불러오지 않은 데이터베이스와 존재하지 않는 레코드가 똑같이 빈 결과로 보입니다.데이터베이스마다 ‘찾음’, ‘검색함, 없음’, ‘검색 안 함’ 중 하나로 답합니다. 실제로 없다는 뜻은 두 번째뿐입니다.
미발표 서열로 검색공개 BLAST·구조 서버에 서열이 그대로 전송됩니다. 많은 연구실과 기업이 미발표 연구에서는 이를 금지합니다.상동성 검색은 자체 서버에서 실행됩니다. 에이전트는 자리 표시자만 다루며 잔기를 보지 않습니다.
특정 환경의 미탐구 단백질 패밀리 찾기MGnify의 단백질 클러스터 17억 개는 테라바이트 규모의 파일로 제공됩니다. 바이옴별로 거르려면 컴퓨팅 클러스터가 필요합니다.바이옴 트리를 탐색하고, 알려진 도메인이 없는 대형 클러스터를 나열하고, 무엇과 동시 출현하는지 확인하세요.

질문 하나로 모든 데이터베이스를, 근거와 함께

  1. 생각하는 그대로 질문하세요

    질문, 유전자 기호, UniProt·MGnify 액세션, Pfam 도메인, 약물, 서열, 좌표 중 무엇이든 입력하세요. BioQ가 입력 유형을 알아보고 어떻게 해석했는지 보여 줍니다.

  2. 에이전트가 계획하고 조회합니다

    질문을 받으면 에이전트가 어느 데이터베이스에 물을지 정하고, 조회를 병렬로 실행하며, 각 단계를 매개변수·소요 시간과 함께 보여 줍니다.

  3. 모든 주장에 레코드를 인용합니다

    답변 속 숫자는 그 값을 낸 조회로 연결됩니다. 어느 단계든 열어 원시 데이터를 보거나, API 호출을 복사하거나, 표를 내려받을 수 있습니다.

연구자가 실제로 묻는 질문을 위해 만들었습니다

표적 발굴

어떤 암이 이 유전자에 의존하나요? 이 유전자와의 결합이 측정된 물질이 있나요?

DepMap, ChEMBL, STRING, AlphaFold

KRAS

약물–표적 근거

표적·화합물 쌍에서 측정된 모든 IC50, Ki, Kd 값을 어세이 유형, 출처와 함께.

ChEMBL, DrugCentral, Guide to Pharmacology

EGFR gefitinib

변이 해석

이 유전자의 어떤 변이가 병원성인가요? 검토 수준은 어느 정도인가요?

ClinVar, GRCh38

BRCA1

단백질 동정

이 서열은 무엇과 가장 가까운가요? 어떤 도메인이 있고, 구조가 있나요?

Swiss-Prot, TrEMBL, Pfam, PDB, AlphaFold

P04637

효소·메타게놈 마이닝

토양에서 알려진 도메인이 없는 대형 단백질 패밀리는 무엇이고, 그 옆에는 무엇이 있나요?

MGnify 단백질, 클러스터, 바이옴, 어셈블리

root:Environmental:Terrestrial:Soil

유전체 좌표

인간, 마우스, RefSeq 서열 544,891개 어디서든 원하는 좌표의 정확한 염기.

GRCh38, GRCm39, RefSeq

NC_045512.2:21563-21600

심사에도 흔들리지 않는 답변

과학용 검색 엔진은 알려 준 내용을 근거로 뒷받침할 수 있어야 쓸모가 있습니다. BioQ는 네 가지를 엄격하게 지킵니다.

없다는 답과 검색하지 않았다는 답은 다릅니다

BioQ는 검색하지 않은 데이터베이스를 검색하지 않았다고 분명히 알려 줍니다. 인덱스가 없다는 이유로 음성 결과를 내놓지 않습니다.

단위를 섞지 않습니다

몰 농도 효력과 로그 척도 효력은 측정 유형과 어세이 유형별로 따로 요약합니다.

답변마다 뒷받침할 수 있는 범위를 밝힙니다

결과에는 판정이 함께 붙습니다. 통계적 주장을 할 만큼 독립 관측이 충분한지, 서술만 가능한지 알려 줍니다.

모든 행에 주소가 있습니다

원본 파일, 레코드 번호, 체크섬이 데이터와 함께 전달되므로 심사자가 같은 바이트를 찾을 수 있습니다.

실제 응답에서 발췌GET /api/v1/whereis?id=P04637
{
  "trembl": {
    "status": "miss",
    "means": "the TrEMBL index was searched and does
      not carry this accession"
  },
  "pfam_domains": {
    "status": "not_applicable",
    "means": "no lookup was possible, so this is
      neither a hit nor a miss"
  }
}

GET /api/v1/affinity?gene=EGFR&drug=gefitinib
{
  "measured_type": "IC50", "value": 0.1, "unit": "nM",
  "unit_class": "molar",
  "source_key": "chembl_37.db|activity_id=13297481",
  "sha256": "4be13df3b68e…c15142"
}

서열의 주인은 연구자입니다

미발표 서열은 연구실의 가장 민감한 자산입니다. BioQ는 상동성 검색을 자체 서버에서 실행하며, 서열을 외부 검색 서비스로 보내지 않습니다. 에이전트에게 서열에 대해 물으면 언어 모델은 잔기 대신 [SEQ1] 같은 자리 표시자와 길이만 봅니다. 검색 기록은 계정이 아니라 브라우저에 저장됩니다.

  • 검색은 BioQ 서버에서 실행됩니다
  • 에이전트는 잔기를 보지 않습니다
  • 검색 기록은 브라우저에 남습니다

클릭할 수 있는 모든 것은 API 호출입니다

계정에서 키를 만들고 Python, R, Nextflow, 노트북에서 같은 엔드포인트를 호출하세요. 모든 응답은 출처 정보가 포함된 JSON입니다.

API 레퍼런스 보기

curl -H "Authorization: Bearer $BIOQ_KEY" \
  "https://bioq.bio/api/v1/depmap?gene=KRAS"

수록 데이터

데이터베이스물어볼 수 있는 것레코드
MGnify메타게놈 단백질과 클러스터, 유래 바이옴, 어셈블리 내 동시 출현단백질 57.4억개
UniProt액세션별 단백질 레코드, 생물종별 개수, Swiss-Prot 대상 상동성 검색항목 1.5억개
Pfam메타게놈 단백질의 단백질 도메인, 특정 도메인을 가진 단백질도메인 패밀리 27,048개
PDB, AlphaFold DB실험 구조와 신뢰도가 포함된 AlphaFold 모델항목 80.3만개
ChEMBL, DrugCentral, GtoPdb표적과 화합물 사이의 IC50, Ki, Kd 및 관련 측정값측정값 515.4만건
ClinVar인간 변이의 임상적 의의와 검토 상태인간 유전체
STRING, BioGRID신뢰도 점수나 큐레이션 근거가 있는 단백질–단백질 상호작용엣지 1.6억개
DepMap암 세포주 전반의 CRISPR 의존성, 발현, 복제수세포주 1,178개
GRCh38, GRCm39, RefSeq인간, 마우스, RefSeq의 임의 좌표 서열서열 54.5만개

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무료 계정으로 매일 조회 500회, 서열 검색 25회, 에이전트 질문 20회를 쓸 수 있습니다.

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