生物学の公開データのための研究エージェント

生物学のデータは公開されています。しかし、使いこなすのは簡単ではありません。

必要なデータの多くは、すでに測定され公開されています。しかし、識別子もファイル形式もダウンロードサイズも異なる別々のポータルに散らばっています。1つの質問に答えるために、何日もかけてダウンロードし、IDを対応付け、スプレッドシートを結合する必要がありました。それも、コンピューターでファイルを開ければの話です。

1つの質問で、すべてのデータベースを、根拠つきで

1. 考えたとおりに質問

   質問、遺伝子シンボル、UniProtやMGnifyのアクセッション、Pfamドメイン、薬剤、配列、座標を入力してください。BioQは入力内容を認識し、どう解釈したかを表示します。

2. エージェントが計画し、クエリを実行

   質問に対して、エージェントはどのデータベースに問い合わせるかを決め、クエリを並列に実行し、各ステップをパラメータと所要時間とともに表示します。

3. すべての主張がレコードを引用

   回答中の数値は、それを生成したクエリにリンクしています。任意のステップを開いて、生データの確認、API呼び出しのコピー、表のダウンロードができます。

研究者が実際に抱く疑問のために

査読に耐える回答

科学のための検索エンジンは、その結果を根拠をもって説明できてこそ役に立ちます。BioQは4つの点を厳格に守っています。

{
  "trembl": {
    "status": "miss",
    "means": "the TrEMBL index was searched and does
      not carry this accession"
  },
  "pfam_domains": {
    "status": "not_applicable",
    "means": "no lookup was possible, so this is
      neither a hit nor a miss"
  }
}

GET /api/v1/affinity?gene=EGFR&drug=gefitinib
{
  "measured_type": "IC50", "value": 0.1, "unit": "nM",
  "unit_class": "molar",
  "source_key": "chembl_37.db|activity_id=13297481",
  "sha256": "4be13df3b68e…c15142"
}