Der Forschungsagent für die öffentlichen Daten der Biologie

Biologische Daten sind öffentlich. Leicht nutzbar sind sie nicht.

Das meiste, was Sie brauchen, wurde bereits gemessen und veröffentlicht. Es liegt verteilt auf getrennten Portalen, jedes mit eigenen Kennungen, Dateiformaten und Downloadgrößen. Eine einzige Frage zu beantworten hieß bisher: tagelang herunterladen, IDs zuordnen und Tabellen zusammenführen – sofern Ihr Rechner die Dateien überhaupt öffnen konnte.

Eine Frage, alle Datenbanken, Belege inklusive

1. Fragen Sie, wie Sie denken

   Geben Sie eine Frage, ein Gensymbol, eine UniProt- oder MGnify-Accession, eine Pfam-Domäne, einen Wirkstoff, eine Sequenz oder eine Koordinate ein. BioQ erkennt, was Sie eingegeben haben, und zeigt, wie es die Eingabe interpretiert hat.

2. Der Agent plant und fragt ab

   Bei Fragen entscheidet der Agent, welche Datenbanken er abfragt, führt die Abfragen parallel aus und zeigt jeden Schritt mit Parametern und Laufzeit.

3. Jede Aussage verweist auf einen Datensatz

   Zahlen in der Antwort verlinken auf die Abfrage, die sie erzeugt hat. Öffnen Sie einen beliebigen Schritt, um die Rohdaten zu sehen, den API-Aufruf zu kopieren oder die Tabelle herunterzuladen.

Gebaut für die Fragen, die Forschende wirklich stellen

Antworten, die einer Begutachtung standhalten

Eine Suchmaschine für die Wissenschaft ist nur nützlich, wenn Sie vertreten können, was sie Ihnen sagt. BioQ ist bei vier Dingen streng.

{
  "trembl": {
    "status": "miss",
    "means": "the TrEMBL index was searched and does
      not carry this accession"
  },
  "pfam_domains": {
    "status": "not_applicable",
    "means": "no lookup was possible, so this is
      neither a hit nor a miss"
  }
}

GET /api/v1/affinity?gene=EGFR&drug=gefitinib
{
  "measured_type": "IC50", "value": 0.1, "unit": "nM",
  "unit_class": "molar",
  "source_key": "chembl_37.db|activity_id=13297481",
  "sha256": "4be13df3b68e…c15142"
}